医院里的污水处理是有规定的，需要分类处理。医疗生活废水由排污系统进入医院污水处理站。在处理站根据国家要求，使用符合国家规定有*的设备和制剂进行沉淀和去害处理后排出。
放射性液体废物产生后由专用管道排入分隔的污水池，经过降解后排入医院污水处理系统。
传染病人（如结核病人）的痰液和检验科检查后痰液标本、污染废物，以及各科室病人的引流液、胸、腹水等由产生科室分类收集，用防渗漏的专用桶盛装，送至化痰室，经高温煮沸30分钟或2000mg/L含氯消毒剂混合作用30分钟后，污水排入医院污水处理系统。
一般情况下，一级处理的工艺流程是：将来自病区和其它含菌污水通过排水管道，汇集到污水处理站。含粪便污水首先通过化粪池沉淀消化处理，病区其它污水经相应处理后，进入污水处理站，污水站设有格栅、调节池、计量池、提升泵和接触池，消毒剂通过自动投配系统，进入接触消毒池杀菌，经处理达标后外排。由沉淀池产生的污泥定期消毒处理。
目前，我国已建医院处理设施大多数采用一级处理，其特点是投资省，运行费用低，但处理效果不甚理想，许多医疗机构忽视了排放污水中余氯含量的控制，提高了医院污水处理成本，造成资源浪费，对环境造成二次污染。
二级处理的主要任务是去除污水中呈溶解和胶体状态的有机物质来降低水中的BOD、COD等，随着水污染物排放标准控制项目不断增加，生化处理工艺逐渐被处理医院污水采用，但一次性投资较大，运行费用较高，生物处理工艺有活性污泥法、生物接触氧化法、膜生物反应器、曝气生物滤池和简易生化处理等。
